Ali Yüzbaşı’nın 1990’da dosyasındaki ülkücülükten sakıncalı ibaresinin kalkması üzerine Harp Akademisi sınavlarına girer ve kazanır. Ancak dönemin Harp Akademisi komutanı kendisini çağırır: “Çocuklarının adı Oğuzhan ve Aslıhan’mış. Bunlar 1980 öncesinde MHP’lilerin koydukları isimler. Bu kafayla gidersen akademinden atılırsın” diye Ali Yüzbaşıyı tehdit eder. Aslında Türkiye ve Türk Ordusu için felaket olan, böyle cümleyi kurabilen bir adamın Harp Akademisi komutanı olabilmesidir. Bilmez ki bu adam mensup olduğu ordunun kurucusunun adı Oğuzhan’dır.
Yüzbaşı Ali öylesine tesadüfen subay olmadığını, Mustafa Kemal Atatürk’ün subayı olduğunu şu cevabı ile göstermiştir. “Komutanım her Türk subayı ülkücü ve Türk milliyetçisi olmak zorundadır. Ben de olması gerektiği şekilde davranıyorum, eğer beni refüze edecek olursanız öyle bavulumu alıp gitmem, buradan bana zulmeden birkaç subayın ve generalin leşini serer giderim. Sadece ben değil, siz de bunun altında kalırsınız.” Böyle bir komutan ancak böyle bir cevabı hak etmektedir. Ali Yüzbaşı, Harp Akademisi’nden sonuncu olarak mezun ettirilir.
Ali Yüzbaşı 1992’de Jandarma Genel Komutanlığı Hareket Başkanlığı’nda göreve başlar. Bu süre içinde bir kurmay subay olarak genel karargah çalışmalarının özelliğini öğrenir. 1996’da Şırnak-Beytüşşebap’a jandarma komando alayına atanır. 1997’de Kuzey Irak’ta birliği ile iki buçuk ay savaşır. Bu arada 28 Şubat başladığında Zonguldak’tadır. İsimsiz bir mektupla Cuma namazına gittiği, oruç tuttuğu, ve oğlu Oğuzhan’ın gittiği dershanenin cemaate yakın olduğu iddiaları ile takibat geçirir. Ordudan atılmasını komutanı İsmet Yediyıldız Paşa engeller. 1998’de 8 ay süreyle Azerbaycan’da, Azerbaycan jandarma teşkilatının kurulmasında çalışır. Bir Türkçü-Turancı subay olarak Elçibey ile yapılan sohbetlerin büyük keyfini yaşar.
2000 yılında albay olan Ali Aydın, önce Jandarma Genel Komutanlığı İstihbarat Daire Başkanı sonra Asayiş Daire Başkanı olur. 2001-2003 arasında Balıkesir İl Jandarma Alay Komutanı olur. 2003-2004’te ise Şırnak Alay Komutanlığı görevini yapar. 2004-2005’te Bingöl Alay Komutanlığı görevine getirilir.
Albay Ali Aydın, 2005’te Tuğgeneralliğe terfi eder. Ali Aydın’ın; herkesin ülkücü diye bildiği, ülkücü olduğunu da saklamayan, ülkücülüğünün arkasında duran, ülkücü hareketin liderleri ile açık bir şekilde insani ilişkilerini sürdüren, bu albayın generalliğe terfisi tanıyan herkeste büyük bir sevinç ve şaşkınlık yaratır. Hemen hiç kimse Ali Albayın general olmasını beklememektedir. Bundan dolayı kendisini telefon ederek kutlayan Türk Ocakları Başkanı Nuri Gürgür, “Yörük Ali, sen son yarım asırda ülkücülüğünü bağıra bağıra Paşa olan ilk subayımızsın. Sen sistemin çarklarını kıran gururumuzsun” derken aslında bütün Türk Milliyetçilerinin duygularını dile getirmektedir.
Artık herkes kendisinden YÖRÜK ALİ PAŞA diye bahsetmektedir. Yörük Ali Paşa, sırası ile Bilecik Tugay Komutanlığı, Kayseri Bölge Komutanlığı ve Kastamonu Jandarma Bölge Komutanlığı görevlerini yerine getirir. 2010 yılında büyük bir kadro tasfiyesi niteliği taşıyan Balyoz Davası kapsamında tutuklanır ve yargılanarak 18 yıl hapse mahkum olur. Aslında Yörük Ali Paşa, Balyoz kapsamında tutuklanan tek ülkücü ve Türk Milliyetçisi değildir. En çok tanınan ve bilinenidir. Davayı izlemeye Silivri’ye giden MHP Milletvekili Prof. Dr. Özcan Yeniçeri, döndüğü zaman şöyle demiştir: “Balyoz’dan yargılananların % 70’i ülkücü Türk Milliyetçisi, % 30’u ulusalcı.” Kendisine sordum: “Özcan Hoca nereden anladın?” diye. “Çok basit” dedi ve devam etti: “Çocuklarının isimlerinden.” Yani sadece Ali Paşa’nın değil, bir çok subayın çocuklarının isimleri de Oğuzhan, Mete, Kürşat, Alparslan.
Ali Aydın Paşa’nın, savunmasında Nihal Atsız ve Necip Fazıl’dan dörtlükler de vardır. Mahkum olduktan sonra soranlara şöyle der: “Biz Allah (c.c.)’a inanır O’na sığınırız, İmtihanımız buymuş, inanıyorum ki Rabbim bizi daha büyük, daha kutlu bir mücadeleye bu merhaleler ile hazırlıyor, irademizi çelikleştiriyor.”
9 Ekim 2013’te Yargıtay, Balyoz Davası’nda daha sonra yazacağım davanın geneli ile ilgili haksız ve yanlış bir karar alırken, Yörük Ali Paşa’nın mahkumiyetini kaldırdı, beraat etti. Tuğgeneral Ali Aydın serbest kaldı. Geçmiş olsun Paşam. Sadece size değil, Türk Silahlı Kuvvetleri’ne geçmiş olsun. Fakat bu iş burada bitmedi. Sizin ve arkadaşlarınızın elinden özgürlüğünüzü alan ve PKK’lılar ile aynı potaya koymaya çalışan zihniyet, şimdi kuvvetinizi, Jandarma Genel Komutanlığı’nı tasfiye ederek elinizden almaya hazırlanıyor.
