Ahmet Altan’ın kardeşi Prof. Dr. Mehmet Altan da o dönem de yazı ve televizyon konuşmalarında, Ergenekon tertibi çerçevesinde milliyetçi-vatanseverleri hedef aldı. Altan kardeşlerin en önemli özellikleri, İkinci Cumhuriyet fikri çerçevesinde Ordu ve Cumhuriyet karşıtlığı yapmalarıydı. Bu nedenle gerici çevrelerde çok sevildiler. El üstünde tutuldular. AKP döneminde zirveye çıktılar. Mehmet Altan, 24 Mart 2008 tarihli Yeni Şafak'a verdiği mülakatta, "AK Parti dik durursa İttihatçı zihniyet biter" demişti.