SEKA Kâğıt Müzesi 4 kattan oluşuyor. Bodrum kattaki salonda SEKA’da sosyal yaşam anlatılıyor. Zemin Katta; Kâğıt Müzesi Geçiş Holü, Karşılama Salonu, Türbin (Enerji motoru) Dairesi, Şlayfer (Parçalama) Salonları, Güç Santrali, Doğu Galerisi, Hamur Deposu, Hamur Temizleme, Kâğıt Makinesi Salonu, Mehmed Ali Kâğıtçı Anı Salonu, Güney Galerisi, Süreli Sergi Salonu ve Kâğıt Bitkileri Bahçesi olmak üzere toplamda 13 salon var. 1. katta Hamur Hazırlama Salonu, Matbaa Salonu olarak 2 salon bulunuyor. 2. katta ise Dekantasyon (Çökertme) Kuleleri ve Teksif (Elekleme) Dairesi olmak üzere 2 salon mevcut. Giriş bölümünde de vestiyer, hediyelik eşya dükkânları, kahve evi, restoran ve sosyal donatı alanları yapıldı.