İlk duruşması, Ankara 12. Ağır Ceza Mahkemesinde, 4 Nisan 2012'de görülmeye başlanan davaların duruşmalarına, Evren ve Şahinkaya, sağlık durumlarını gerekçe göstererek katılmadı. Davanın bundan sonraki duruşmalarında her iki isim de savunmalarını, tedavi gördükleri hastanelerden sesli ve görüntülü iletişim sistemi üzerinden yaptı.Evren ve Şahinkaya, savunmalarında, suçlamaları kabul etmeyerek, kurucu iktidar olduklarını, mevcut mahkemelerin kendilerini yargılayamayacağını savundu.Cuntacı generaller, 13 Şubat 2013'te, dava nedeniyle haklarının ihlal edildiği gerekçesiyle Anayasa Mahkemesine (AYM) bireysel başvuruda da bulundu. İki eski komutan, davanın görüldüğü Ankara 12. Ağır Ceza Mahkemesine, ''12 Eylül iddianamesinin ve kamu davasının hukuken yok hükmünde olduğunun tespiti" için dilekçe verildiğini ancak mahkemece bu istemin reddedildiğini gerekçe gösterdi.AYM, 26 Haziran 2014'te Evren ve Şahinkaya'nın başvurusunu, olağan kanun yolları tüketilmediğinden kabul edilemez buldu.