Natto'nun ana bileşeni olan soya fasulyesi, Bacillus subtilis adlı bir bakteri yardımıyla fermente edilir. Bu fermantasyon süreci, soya fasulyesini protein, vitamin ve enzimler açısından zenginleştirir. Natto, özellikle kahvaltılarda tüketilir ve genellikle soya sosu, hardal veya yeşil soğanla servis edilir. Japonya'nın farklı bölgelerinde farklı servis şekilleri ve tarifleri bulunur, ancak temel yapısı her yerde aynıdır.