Öte yandan hastane gemilerinin savaş hukukuna aykırı olarak askeri mühimmat nakliyatı ve bombalama işlerinde kullanıldığı da oluyordu. Enver Paşa'dan Amerika Birleşik Devletleri elçisi Morgentau'ya gönderilen bir yazıda Çanakkale'de düşman kuvvetlerinin kendi hastane gemilerini suistimal ettikleri, küçük bir harp gemisinin büyük bir hastane gemisinin arkasına gizlenerek top atışı gerçekleştirdiğinin görüldüğü, yine Hilal-i Sâlib bayrağı taşıyan bir otomobilin de keşif amacıyla kullanıldığı belirtildikten sonra bu tür suistimallere son verilmesi için ilgili devletlere ihtarda bulunması istenmiştir. Aynı şekilde Seddülbahir civarında hastane gemileri kullanılarak karaya asker çıkartıldığının müşahede edildiği, ihtar vukuundan sonra bu gibi hastane gemilerinden asker çıkarıldığı takdirde bombalanması emri verildiği de belirtiliyordu.
Enver Paşa, Cenevre ve Lahey Mukavelenâmeleri"nde açık olarak belirtilen uluslararası hukuk kurallarının bu şekilde sıklıkla ihlal edilmesinin sebebini şöyle izah eder: "Bizi tedâbir-i mütekabile ittihazına mecbur etmek ve sonra da bî-taraf matbuat marifetiyle asâkir-i Osmaniyye'nin gayriinsanî bir tarz-ı harb takip etmekte olduğunu aleme ilan etmektir." Enver Paşa bu tarz ihlallerin tekrarlanması durumunda yapılacakları şu tehditkâr ifadelerle taraflara bildirmiştir: "Eğer İngiliz tahtelbahirleri Osmanlı hastane gemilerine taarruz ederlerse bu taarruz hiç bir sebeb-i ciddîye müstenid olmaksızın hukuk-ı beyne'l-milelin pay-mâl edilmesi demek olacağından gark olacak her Osmanlı mecrûhuna mukabil bir İngiliz esirini idam edeceğiz."
Çanakkale'de İngiliz ve Fransız kuvvetleri tarafından meydana getirilen ve uluslararası savaş hukukuna aykırı olan bu davranışlar sebebiyle Osmanlı hükümeti tarafından verilen protesto notasının cevabında İngiltere Hükümeti, Osmanlı hükümetinin bu tür isnatlarını daha önce reddettiklerini, bu isnatların temelsiz olduğunu ve bu ihlallerin bir çoğunun dikkatsizlik sonucu meydana geldiğini ileri sürmüştür. Ayrıca böyle müessif kazalara meydan verilmemesi için Hilal-i Ahmer kurumlarının mümkün olduğu kadar harp alanlarından uzakta bulundurulması gereğine de işaret edilmiştir. Dahası Çanakkale'de bulunan İngiliz uçaklarına, hastane vs. gibi savaş hukukunca taarruzdan masun addedilen kurumları gösteren bayrak ve diğer işaretler civarına mermi atmamak hususunda fazlasıyla dikkat ve özen göstermeleri konusunda gayet açık talimat verildiği, hatta hava taarruzuna hedef olabilecek bazı hedeflere, sırf Hilal-i Ahmer bayrağı çekilmiş olmalarından dolayı, bu bayrağı suiistimal ettikleri bilindiği halde taarruz edilmediği iddia ediliyordu.
Yine İngilizlerin iddialarına göre Teşrinisani 1915 tarihinde Kilya Limanı'nda karaya erzak ve mühimmat çıkaran bir askeri nakliye gemisine ateş açmakta tamamen haklı olunduğu halde, bir hastane gemisinin yakınında bulunmasından dolayı ateş açılmamış, bu nakliye gemisi de karaya külliyetli miktarda askerî mühimmat çıkarmıştı. Bir başka iddialarında İngilizler Osmanlı kuvvetleri tarafından bazı İngiliz hastaneleri ve yararlılarına karşı bir çok hasarlar verdirildiğini ancak bunların bir kaza eseri meydana geldiğine inanmak istediklerini de belirtirler. Öte yandan İngiltere de Osmanlı hükümetini Cenevre ve Lahey Mukavelenâmelerine aykırı hareket etmekle suçlamaktaydı. Örneğin İngiliz iddialarına göre Gelibolu yarımadasının batı taraflarına asker nakli için Hilal-i Ahmer işaretli gemiler kullanılmıştı. Ayrıca İngiltere, Osmanlı kuvvetleri tarafından uluslararası anlaşmalara aykırı olarak işlenen birçok fiil gösterebileceğini fakat bu tür hadiselerin kastî bir garaza dayanmayıp kaza olduğuna inanmak istediklerinden bunu yapmadıklarını belirtmiştir. Oysa Türk tarafının bu konuda azami dikkat gösterdiği anlaşılmaktadır. Bu konudaki çok sayıda örnekten birisinde, örneğin savaşa katılan Avusturyalı Harold Olive Newman'ın şu mektubunda bunu açıkça görmek mümkündür: "O savaşta bizleri en fazla etkileyen durumlardan biri de Türk askerlerinin centilmenlikleri olmuştur. Anzak koyu açıklarında demirlemiş bulunan hastane gemimiz daima Türk topçusu tarafından büyük bir dikkatle korunmuştur. Zaman zaman savaş gemilerimiz hastane gemisine yaklaşınca Türk topçusu Kızılhaç işaretini taşıyan gemiye zarar vermemek için hemen ateş kesmekten geri kalmıyordu. “Yine Robert R.James, "Gelibolu Hatıratı" adlı kitabında şunları yazar: "Türkler mertçe dürüstçe ve kahramanca çarpışmış, insancıl meziyetlerini ve güçlü kişiliklerini sergilemişlerdir. Örneğin Kızılhaç çadırları, hastane gemileri, yaralı taşıyan sedyeler, botlar Türkler tarafından ateş altına alınmamıştır. Oysa onlar Türk şehirlerini bombalamışlar, sargı yerlerini, hastaneleri topa tutmuşlar ve çekildikleri anda lağım patlatmışlardır."
Çanakkale muharebelerinde karşılaşılan hukuk ihlallerinden bir diğeri de esirlere karşı yapılan insanlık dışı hareketlerdir. Bu konuda en çok rastlanan şikâyetler de esirlerin angarya işlerinde çalıştırılması veya kurşuna dizilmeleri hadiseleridir. Sadaretten Hariciye nezaretine gönderilen bir yazıda Fransızların esirleri angarya hizmetlerinde istihdam ettikleri, bunun uluslararası hukuka aykırı bir davranış olduğu ve gerekenler nezdinde şiddetle protesto edilmesi isteniyordu. Osmanlı hükümetinin Amerika Sefareti vasıtasıyla Fransa hükümetine verdiği ve uluslararası antlaşmalara aykırı olarak Seddülbahir'deki Osmanlı esirlerinin askerî harekâta yönelik işlerde zorla istihdam edildikleri hakkındaki protestosuna verilen cevapta Helles Burnu'ndaki Osmanlı esirlerinin Fransa'da bulunan Alman esirlerinin tabi oldukları şartlar dairesinde yani "ameliyât-ı tezyiniye ve ordugâh kurmak" işleriyle temizlik hizmetleri ve su taşımak angaryalarında istihdam edildikleri, bazılarının da limandaki gemilerden eşya çıkarmak ve posta paketleri bağlamak gibi işlerde çalıştırıldıkları itiraf edilerek esirlerin bundan memnun oldukları, Osmanlı Hükümeti'nce ileri sürülen iddiaların asılsız olduğu belirtildiği gibi esir Osmanlı askerlerinin beyanlarına istinaden bir karşı propaganda da yürütülmüştü.
