Mustafa Kemal Paşa, Mavri Mira ve Rum cemiyetlerinin memleketi nasıl ve ne tarzda parçalamak istediklerini çok iyi anlamış ve bunun önüne geçmek için tedbirler almak zorunluluğunu duymuş, 21-22 Ağustos 1919’da, bütün heyet-i merkeziyelere telgraflar çekerek, bu konularda gerekli uyarılarda bulunmuş, elde edilen bilgilere göre, İstanbul Rum Patrikhanesinde Mavri Mira Cemiyeti’nin kurulduğunu, bunun başkanının patrik vekili Druetos, üyelerinin ise Enes Metropoliti, Giritli Katehahuz gibi kişilerden oluştuğunu ve heyetin "Doğrudan doğruya Venizelos’tan talimat" aldığını, Rumların ve Yunan Hükümetinin nakliye yardımları ile cemiyetin büyük bir sermayeye sahip olduğunu, bu cemiyetin görevinin de "Osmanlı vilayetleri dahilinde çeteler teşkil ve idare eylemek, mitingler ve propaganda yapmak", Yunan Salib-i Ahmer Cemiyeti’nin de Mavri Mira’ya bağlı olduğunu, sözde görevinin göçmenlere bakmak gibi insani bir amaca dayandığını, ancak asıl amacının perde altında "Çete teşkilatı yapmak, tertibat-ı ihtilaliyeyi ihzar eylemek" olduğunu da açıklamıştı. Bu cemiyetler "Ecza-yı tıbbiye ve levazım-ı sıhhıye"de malzeme yığmaktaydılar. Resmi Muhacirin Komisyonu da Mavri Mira’ya bağlıydı. İstanbul Patrikhanesi ve Yunan Konsoloshanesi silah ve cephane deposu haline gelmekte, "hatta kiliseler ibadet yerinden ziyade askeri ambarlar gibi" kullanılmaktaydı. Ermeni Patriği Zaven Efendi de, Mavri Mira ile birlikte çalışmaktaydı. Rum mekteplerinin izci teşkilatları tümden Mavri Mira Heyeti’nce yönetilmekteydi. İstanbul, Bursa, Bandırma, Kırkkilise, Tekirdağ ve buna bağlı yerlerde izci teşkilatları kurulmuş olup, buralara yalnız çocuklar değil, yirmi yaşını geçmiş kişiler de girmişti. Mustafa Kemal Paşa, Samsun’un, Trabzon’un bunların cephane dağıtım yerleri olduğunu, Ermeni hazırlığının da Rum hazırlığı gibi yürüdüğünü bizzat vurgulamaktaydı.
Pontus Rum Kurulu çalışmalarını, 1920’de de sürdürmüştür. Pontus Rum Kurulu adına on kişilik bir heyetin Batum’dan Moskova’ya giderek, Lenin ile buluştukları yolunda söylentiler mevcuttur. 14 Mart 1921’de, Dışişleri Bakanı Ahmet Muhsin, bu durumun incelenmesi için, Genelkurmay Başkanlığı’na şifreli bir telgraf çekmişti. Bu sıralarda, General Harbord Başkanlığında Amerikan heyetinin Ermenilerin yaşadığı ileri sürülen yerlerde inceleme yapmak amacı ile İstanbul’a gelmesi bekleniyordu. General Harbord Başkanlığındaki heyetin, gezi sırasında Pontus Bölgesine de giderek, olayları ve yöresel durumu inceleyip, getirteceği büyük devletlerin askerleri ile yöresel düzen ve güvenliği sağlayacağı ileri sürülüyordu.
