HSK üye seçimi öncesinde MHP'de ‘istifa' krizi çıktı. Anayasa Adalet Karma Komisyonu üyesi ve Bursa milletvekili Kadir Koçdemir, ”Komisyondan istifa etti” denilerek MHP Grup yönetimince TBMM Başkanlığına bildirildi. Koçdemir’in yerine de İstanbul milletvekili İsmail Faruk Aksoy görevlendirildi. TBMM Başkanlığı bu konuda Genel Kurula bilgi verirken Koçdemir ”Ben istifa etmedim” diyerek tepki gösterdi. HSY’ye seçilecek bazı adaylara karşı çıkan Koçdemir’in, MHP yönetimince ve habersizce üyelikten istifa etmiş gibi gösterildiği ortaya çıktı.
TBMM Genel Kurulunda iki komisyona yeni üye seçildi. Buna göre MHP'li Kadir Koçdemir’in Adalet Komisyonu ve AB Uyum Komisyonu üyeliklerinden istifa ettiği, yerine de MHP milletvekilleri, İsmail Faruk Aksoy ve Zühal Topçu’nun getirildiği bildirildi. MHP grubunbun bu bildirimi, Genel Kurul'un bilgisine sunuldu. Ancak Koçdemir'in iki komisyondaki görevinden de istifa etmediği anlaşıldı. Yazılı bir açıklama yapan Koçdemir, yaşananları şöyle anlattı:
"İSTİFA ETMEDİM"
"27 Nisan 2017 tarihinde,MHP TBMM Grup Başkanvekili tarafından TBMM Başkanlığı'na gönderilen bir yazıyla, Türkiye-AB Parlamento Komisyonu'nda (KPK) benim yerime başka bir milletvekili arkadaşımın görevlendirildiği bildirildi. Daha sonra da, Adalet Komisyonundan istifama dair dilekçelerin imzalanması talep edildi, reddettim. Adalet-Anayasa Karma Komisyonu'nda HSK aday seçimine dair sürecin başladığı 4 Mayıs 2017 Perşembe günü, bu kez grup başkanvekili tarafından telefonla istifam istendi, reddettim. 9 Mayıs Salı günü TBMM Genel Kurulu'nca MHP Meclis grubunun yetkisini re'sen kullanması sonucu adı geçen komisyonlarda yerime görevlendirilen arkadaşlar hakkında oylama yapıldı. Özetle ilk düğmenin yanlış iliklenmesinden kaynaklanan süreç ipliklerin kesilmesi suretiyle re'sen tamamlandı. HSK için aday olarak seçilecekler, kendilerini seçecekleri seçti. Anayasanın seçimi öngördüğü sürecin, seçim mi yoksa bir atama sürecine mi dönüştürüldüğü kamuoyunun takdirine sunulur. İstifa etmem ya da ettirilmem asla söz konusu değildir.”
