Fethullahçı Terör Örgütü’nün yargıdaki mensuplarının hazırladığı Ergenekon kumpası kapsamında 22 ay hapis yatan eski Genel Kurmay Başkanı İlker Başbuğ’a, "26 Haziran 2009'da askeri şahısların, askeri mahalde işlediği suçlarda dâhil özel yetkili mahkemelerde yargılanmasının önünü açan yasa teklifi getiriliyor. Bunu kim hazırladı? Tamamen FETÖ ile ilgili, bu araştırılsın" sözleri sonrası dava açılmıştı.
Başbuğ’un bu sözleri sonrasında "Televizyon programındaki konuşmamızın kapsamı Hükümet tasarısı dışında iki önerge ile yapılan düzenlemeler olup esasen bunların üzerine FETÖ gölgesi düşürmek değil gece yarısı yapılan bu düzenlemelerden FETÖ'nün istifade ettiğinin ortaya konulmasıdır" ifadeleriyle sözlerine açıklık getirmiş, sözlerinden hükümeti hedef aldığı anlaşılmasının doğru olmadığını açıklamıştı.
Gazeteci Seda Akyüz’ün haberine göre İlker Başbuğ hakkında AKP’li milletvekilleri tarafından suç duyurusunda bulunmuştu.
İlker Başbuğ'a "hakaret" soruşturmasının yanında, FETÖ üyeliği ile ilgili soruşturma açıldığı da ortaya çıktı. Savcılık, Başbuğ hakkında "FETÖ üyeliği iddialarının" kovuşturmaya yer olmadığına karar verdi.
