MÜSLÜMAN köylüler geri çekilmekte olan Rus askerlerinin yağmasından zarar gördüler, fakat onların arkasından yönetimi devir alan Ermenilerin elinde daha çok çile çektiler. Rusların ayrılmasından sonra, Ermenileri kontrol altında tutan hiçbir güç kalmamıştı. Ermeni üstünlüğünün kısa süren ilk dönemi sırasındaki olaylar o yıllarda çok sık tekrarlanan silahsız Müslüman köylülerin öldürülmesi, kaçırılması ve kaçırılanlardan bir daha haber alınamaması, Müslüman dükkânlarının, mahallelerinin ve köylerinin harap edilmesi ile çok yaygın olan yağmalama ve ırza geçmelere benzer olaylardı.
Erzincan ve Kars arasındaki bölgede Ermeni mezalimi nispeten kısa sürdü. Rus ordusunun çözülmesinin ardından, Osmanlılar, bu ihtimale karşı yedekte tuttukları güçlerini harekete geçirerek, işgal altındaki topraklarını geri almak üzere saldırıya geçtiler. Rus silahları ve malzemesiyle donanmış olan Ermeniler, Türk askerlerinden daha üstün teçhizata sahip oldukları halde, deneyimli Osmanlı askerleri karşısında sayıca azınlıkta kaldılar. Düşmanlarının Müslüman köylü ve şehirlilere karşı işlemiş olduğu vahşetten dolayı Osmanlılar ahlakî üstünlükle hücum ettiler. Ermeni birlikleri dağınık halde geri çekildiler. Ermeniler en azından geçici bir süreliğine emellerine erişemeyeceklerini ve kendilerinin Anadolu’daki Ermeni toprakları dedikleri bölgeyi Türklerin geri alacağını anlamış bulunuyorlardı. Osmanlıların buralara ulaştığında, harabeden iyisini bulmamaları için zarar vermeye giriştiler. Birçok Müslümanın hayatta kalması, sadece Osmanlı ordusunun hızla ilerlemesi sayesinde mümkün oldu. Zamanında yetişilemeyenlerin çoğu can verdi.
Önce Osmanlılar, arkasından Ankara Meclisi ve özellikle Doğu Cephesinde görev yapan Osmanlı ve Ankara Hükümetine sâdık paşalar, Ermenilerin Müslümanlara uyguladığı kötü davranıştan şikâyetçi oldular. Türkler, Ermeni birlikleri ve çetelerinden sorumlu birisini bulmakta güçlük çekiyorlardı. Şikâyetler ve vahşet listeleri genellikle önce görünürde kontrolü elinde tutan Rus Kumandanlara gönderilmişti, sonradan görünürde Mavera-yı Kafkas Federasyonu birliklerinin yetkilisi olan generallere gönderildi. Özellikle Güney Kafkasya birliklerinin görünürdeki kumandanı General Odishelidze katliamların yer aldığını kabul etmek zorunda kalmıştı. Bu tür anlatımları Gürcü kaynaklar da destekler. Gerçekte, bu makamların hiçbirisi Müslümanları katleden Ermenilere hâkim olamıyordu. Durumu kavramış olan, Kuzeydoğu Anadolu’daki Osmanlı 3. Ordusunun kumandanı Vehib Paşa şöyle yazdı: “Ben bu işkence ve vahşetten Rus Kumandanını devamlı haberdar ettim ve söz ettiğim otoritenin asayişi temin etmekte başarısız kaldığı hissine kapıldım.”
