Sayıştay tarafından açıklanan Kalkınma Ajansları Genel Denetim Raporu, Melih Gökçek döneminde yapılan işlemleri de gözler önüne serdi. Raporun “Ajans pay alacaklarından hukuki olmayan yöntemlerle feragat edilebilmektedir” başlıklı tespitinde, Gökçek döneminde Ankara Büyükşehir Belediyesi'nin Kalkınma Ajansı'na olan borçlarının, hukuka aykırı şekilde takibinin yapılmadığı ve yine hukuksuz olarak düzenlenen bir protokolle bir miktar borcun da silindiği görüşüne yer verildi. Belediyenin ajansa, faiziyle birlikte 151 milyon lira borcu bulunuyordu. Raporda bu konuda şöyle denildi:
HUKUKİ DEĞİL
“Protokolün yapılmasına ilişkin herhangi bir yönetim kurulu kararı olmadığı anlaşılmış olup, ajans adına yönetim kurulu başkanının karar organı iradesinden bağımsız olarak böyle bir protokolü imzalama yetkisi bulunmamaktadır. Protokol ve gelişmeler, sonrasında da yönetim kurulu gündemine alınmamıştır. Bu açıdan protokol hukuken yok hükmündedir. Protokolün hukuki ve geçerli olduğu kabul edilse dahi, ödeme planına bağlanan toplam tutar, ajansın o tarihi itibarıyla pay alacağı ile uyuşmamaktadır. Protokol tarihindeki toplam ajans alacağı (anapara ve faiz dâhil) 151 milyon 529 bin 968 TL'dir. Oysa protokolle ödeme planına bağlanan toplam alacak tutarı 140 milyon TL olup 11 milyon 529 bin 968 TL'lik bir Ajans alacağının tahsilinden vazgeçilmiş gözükmektedir. Hukuki dayanaktan yoksun protokol ve onun maddeleri gereğince uzlaşılan tutar (140 milyon TL) üzerinden Maliye Bakanlığı işlem tesis etmiş ve kesinti yapmaya başlamıştır. Bu süreç doğru kabul edilerek uygulamaya konulmasına rağmen, yapılan incelemede, protokol gereğince devam etmekte olan ödeme planının muhasebe de ilgili hesaplara kaydedilmediği anlaşılmıştır. Bu açıdan kendi içinde de tutarsız bir süreç yürümüştür.”
