Öte yandan hastane gemilerinin savaş hukukuna aykırı olarak askeri mühimmat nakliyatı ve bombalama işlerinde kullanıldığı da oluyordu. Enver Paşa'dan Amerika Birleşik Devletleri elçisi Morgentau'ya gönderilen bir yazıda Çanakkale'de düşman kuvvetlerinin kendi hastane gemilerini suistimal ettikleri, küçük bir harp gemisinin büyük bir hastane gemisinin arkasına gizlenerek top atışı gerçekleştirdiğinin görüldüğü, yine Hilal-i Sâlib bayrağı taşıyan bir otomobilin de keşif amacıyla kullanıldığı belirtildikten sonra bu tür suistimallere son verilmesi için ilgili devletlere ihtarda bulunması istenmiştir. Aynı şekilde Seddülbahir civarında hastane gemileri kullanılarak karaya asker çıkartıldığının müşahede edildiği, ihtar vukuundan sonra bu gibi hastane gemilerinden asker çıkarıldığı takdirde bombalanması emri verildiği de belirtiliyordu.
Enver Paşa, Cenevre ve Lahey Mukavelenâmeleri"nde açık olarak belirtilen uluslararası hukuk kurallarının bu şekilde sıklıkla ihlal edilmesinin sebebini şöyle izah eder: "Bizi tedâbir-i mütekabile ittihazına mecbur etmek ve sonra da bî-taraf matbuat marifetiyle asâkir-i Osmaniyye'nin gayriinsanî bir tarz-ı harb takip etmekte olduğunu aleme ilan etmektir." Enver Paşa bu tarz ihlallerin tekrarlanması durumunda yapılacakları şu tehditkâr ifadelerle taraflara bildirmiştir: "Eğer İngiliz tahtelbahirleri Osmanlı hastane gemilerine taarruz ederlerse bu taarruz hiç bir sebeb-i ciddîye müstenid olmaksızın hukuk-ı beyne'l-milelin pay-mâl edilmesi demek olacağından gark olacak her Osmanlı mecrûhuna mukabil bir İngiliz esirini idam edeceğiz."
Çanakkale'de İngiliz ve Fransız kuvvetleri tarafından meydana getirilen ve uluslararası savaş hukukuna aykırı olan bu davranışlar sebebiyle Osmanlı hükümeti tarafından verilen protesto notasının cevabında İngiltere Hükümeti, Osmanlı hükümetinin bu tür isnatlarını daha önce reddettiklerini, bu isnatların temelsiz olduğunu ve bu ihlallerin bir çoğunun dikkatsizlik sonucu meydana geldiğini ileri sürmüştür. Ayrıca böyle müessif kazalara meydan verilmemesi için Hilal-i Ahmer kurumlarının mümkün olduğu kadar harp alanlarından uzakta bulundurulması gereğine de işaret edilmiştir. Dahası Çanakkale'de bulunan İngiliz uçaklarına, hastane vs. gibi savaş hukukunca taarruzdan masun addedilen kurumları gösteren bayrak ve diğer işaretler civarına mermi atmamak hususunda fazlasıyla dikkat ve özen göstermeleri konusunda gayet açık talimat verildiği, hatta hava taarruzuna hedef olabilecek bazı hedeflere, sırf Hilal-i Ahmer bayrağı çekilmiş olmalarından dolayı, bu bayrağı suiistimal ettikleri bilindiği halde taarruz edilmediği iddia ediliyordu.
