Naaşın Zafer gemisinden Haydarpaşa açıklarında akıntısız bir mahalde demirlemiş bulunan Yavuz zırhlısına teslim edilmesine kadar geçen süre içerisinde gemide tören kıtası ve subaylar tarafından saygı nöbeti tutulmuştur. Bu sırada orada bekleyen Doğan, Martı avcı botları, Zafer muhribinin arkasında seyir yapmış, Zafer muhribi, Yavuz zırhlısına saat 13.20 itibariyle yanaşmıştır. Yavuz zırhlısının hemen yan tarafına da Atatürk’ün aile efradı ile cenazeye eşlik eden devlet erkânını getiren Denizbank tarafından tahsis edilen vapur yanaşmıştır. Yine Adalar hattında çalışan dört vapur da deniz törenine katılmak isteyen memurlara ve halka tahsis edilmiştir.
Aziz naaşı taşıyan tabut, Donanma Komutanı Amiral Şükrü Okan, Harp Filosu Komutanı, İhtiyat Filo Komutanı, Kurmay Başkanları, Filotilla Komodorları, Yavuz komutanı, Hamidiye komutanı ve üst rütbeli subaylar tarafından Yavuz zırhlısına alınarak, Yavuz’un kıç güvertesindeki 28 cm.lik topun önüne yerleştirilmiştir. Aziz naaşın dört ucunda birer subay ve ayak ucu tarafında da merasim kıtası saygı nöbetine başlamıştır. Yavuz’un 101 pare top atışı ile başlayan törene limanda demirli bulunan misafir İngiliz, Sovyet Rus, Alman, Fransız, Yunan, Romen gemileri de 21 pare top atışı yaparak katılmışlardır. Saat 13.50 itibariyle Yavuz’da saygı duruşu yapılmıştır. Amiral kıdem sırasına göre İngiliz Malaya zırhlısını Sovyet Rus gemisi Moskova takip etmiştir. Diğer yabancı donanma mensupları Fransızca’ya göre alfabetik sırada yer almışlardır.
Atatürk’ün aziz naaşı Yavuz zırhlısına nakledilir edilmez, Türk ve yabancı donanma gemilerinin her biri üç sıra hâlinde geçecek şekilde ayarlanmıştır.
En ortada bulunan sıra, Yavuz zırhlısının öncülüğünü yaptığı altı Türk savaş gemisinden teşkil edilmiştir. Yavuz’un sancak (sağ yan) tarafında sırasıyla İngiliz Malaya, Sovyet Rus Moskova, Alman Emden, Fransız Emre Bertin, Yunan Hydra ve Romen Regina Maria savaş gemileri yer almış ve geçiş Akdeniz Filosu Komutanı Amiral Dudley Pound tarafından uluslararası işaretleşme ile idare edilmiştir.
Arka sırada Fenerbahçe Fenerinin 1.5 mil açığında ve yabancı misafir gemilerin gerisinde tek sıra dizilmiş olarak Atatürk’ün aile efradı ve cenazeye eşlik eden devlet erkânını getiren Denizbank tarafından tahsis edilen vapur, deniz törenine katılmak isteyen memurlara ve halka tahsis edilen vapurlar ile Cumhurbaşkanı Atatürk’ün yatı Savarona yer almıştır. Bu sıralama ile saat 15.36 itibariyle önde Yavuz zırhlısı olmak üzere birleşik donanma İstanbul’dan hareket etmiştir. Bütün gemilerin bayrakları yarıya indirilmiş, mürettebatları da çimariva (Çimariva: Personelin bir merasim için belirli bir düzen içinde gemi üzerinde mevki alması. Deniz Kuvvetleri Komutanlığı Gemicilik Sözlüğü.) yerlerine alınmıştır.
