MUSTAFA KEMAL Paşa’nın faaliyetleri karşısında, Karadeniz Ordusu Kumandanı General Milne, artık daha kesin davranmak gereğini duyar ve 6 Haziran’da Harbiye Nezaretine gönderdiği telgrafta, “...seçkin bir Generalin ve Karargâhının bugünkü ortamda ülkede dolaşmaları, kamuoyunu rahatsız edici bir durumdur ve askerlik bakımından onların çalışmaları için bir zaruret de görmüyorum. Kemal Paşa’nın ve Karargâhının derhal İstanbul’a dönmeleri için emir vermenizi talep ederim” denilmektedir. Bu haysiyet kırıcı istek üzerine, Harbiye Nazırı (Şevket Turgut Paşa), 8 Haziran’da Mustafa Kemal Paşa’ya şu telgrafı gönderir: “Emrinizdeki istimbotlardan biri ile buraya teşrifiniz rica olunur.” Mustafa Kemal Paşa, bu geri çağrılış isteğinin İngilizlerden geldiğini gizli bir haberleşme sonucu Erkân-ı Harbiye-i Umumiye Reisi Cevat Paşa’dan öğrenir ve 11 Haziran’da gönderdiği telgrafla, Harbiye Nezaretine şu oyalayıcı cevabı verir: “Hareketimin kömür ve benzin azlığından dolayı geciktiğini bugünkü telgrafımla bildirmiş ve bu sebeplerin giderilmesini istirham etmiştim. Ancak, hareket tarzımı düzenlemek üzere, çağırılış nedeninin lütfen açıklanmasını rica ederim.” Ayrıca, durumdaki bu gelişmeyi, 11 Haziran tarihli bir telgrafla Kâzım Karabekir Paşa’ya bildirir (özetle): “...Vermiş olduğum kararın milletin haklarını ve istiklâlini temin uğrunda milletle beraber çalışmaktan ibaret olduğunu siz değerli kardeşime her zaman arz etmiştim. Bu amaç, milletin bağrına sığınarak namus ve vicdan görevini yapmaya fedakârlıkla devam etmeyi emreder. Emsalimiz gibi İngilizlere esir olmak üzere İstanbul’a gitmeyi istemiyorum. Vatan görevime devam edebilmekliğim, kuşkusuz, sizin gibi aynı düşünce ve kanaatte bulunan kardeşlerimin de her zaman ve her durumda dost ellerine ve yardımlarına bağlıdır. Bugün benim vermeye mecbur olduğum bu fiilî kararın yarın namus ve hamiyet sahibi bütün arkadaşlarımız tarafından verilmesinin gerekeceğine hiç şüphe yoktur... Merkezî Hükümet (İstanbul Hükümeti) kandırma yolu ile İstanbul’a çağırma plânını takip eylediğinden; ben de, mümkün olduğu kadar zaman kazanmak ve karargâhımı memleket içerisine sokmak için, aynı usulde karşılık vermekte ve haberleşmekteyim.”
Anadolu’da millî teşkilât fikri yaygınlaşmaya başlamıştı
Mustafa Kemal Paşa, 12 Haziran günü, karargâhı ile birlikte Havza’dan ayrılarak, çevre güvenliği bakımından daha uygun bir yer olan Amasya’ya gider. Burada bulunduğu iki haftalık (12-25 Haziran 1919) süre içinde, millî teşkilâtı geliştirme yolunda yine yoğun bir çaba içerisindedir, ama, İstanbul’a geri çağrılmış olmasından da tedirgindir. 14 Haziran’da Padişaha gönderdiği telgrafta, yabancıların tutumlarını eleştirerek şu kararını belirtir: “...Eğer zorlanırsam, görevimden istifa ederek, daha önce de olduğu gibi, Anadolu’da ve milletin bağrında kalacağım ve vatanî görevime bu kez daha belirgin adımlarla devam edeceğim...”