Ağaç kökünden yıkılır atasözünün anlamı: Bir iş, bir düzen, temelinden sarsılınca yıkılır.
Geçmişten bu yana süre gelen düzenin bozulması veya değişmesi için ayrıntıları değiştirmek yeterli olmamaktadır. Düzenin değiştirilebilmesi veya yeniden yapılandırılabilmesi için temelinin değiştirilmesi gerekmektedir. Aynı şekilde düzenin yıkılabilmesi için de temelinden sarsılması gerekmektedir.
Bu atasözünden çıkarılması gereken bir diğer anlam ise; kurulan bir düzenin eğer temeli sağlam değilse yıkılmaya mecburdur, olmaktadır.